dsh-ezprot-plugin
一个即插即用的 DeepSeek Harness 蛋白质组学分析插件。它把完整的蛋白表达分析流程——归一化 → PCA → 批次校正 → 差异分析 → GO/KEGG 富集 → GSEA——包装成一场对话：把数据文件交给 agent，回答几个问题（哪些列是什么、比较哪些组），插件就会自动准备好一切，逐步执行并展示每一步的摘要和图形，最后给出解读报告。
不需要会 R、不需要碰终端：插件会在第一次使用时自动检测或静默安装自己的 R 4.4.0 运行时和包库（一次性，约 10–20 分钟）。Docker 是可选后端：当本机无法搭建可用的 R 环境时插件会自动改用 Docker 镜像，网络受限的机器也可把一次性 GO/KEGG 背景构建放进镜像内完成。
安装
通过 DSH Desktop 插件市场安装
DSH Desktop 自带插件市场。添加一次我们的目录来源后即可在界面中安装：
1. 设置 → 插件 → 插件市场 → 来源 → 添加标准来源； 2. 填入 https://dsh-plugin.yukunr.top/catalog-source.json； 3. 打开「发现」，搜索 ezprot，点击 dsh-ezprot-plugin 卡片安装 —— Desktop 会在安装前再次核对精确版本与当前 profile； 4. 重启 Desktop，新建会话即可使用 proteomics_* 工具。
带截图的图文步骤：[安装指南](install.zh.md)。
命令行安装
前置要求：Node.js（自带 npx）和 pnpm——npm install -g pnpm。
需要 dsh 命令行工具（Windows / macOS / Linux 通用），一条命令：
npx @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add dsh-ezprot-plugin@0.1.1已全局安装 dsh 时，去掉 npx @deepseek-ai/ 前缀即可：
dsh plugin --profile web add dsh-ezprot-plugin@0.1.1然后重启 dsh web。每个会话的 agent 都会获得 proteomics_* 工具。
使用
直接和 agent 对话即可。例如：
> 我的蛋白组数据在 D:\我的实验\origin_data.txt，样本分组在 D:\我的实验\sample_info.txt，小鼠样本，帮我分析 HC、HD 分别对 NC 的差异蛋白。
Agent 会检查数据质量、和你确认比较组、逐步完成分析，并写出解读报告（关键蛋白、富集通路、候选靶点）。详细说明见：[给生物学家的使用指南](biologist-guide.zh.md)（[English](biologist-guide.md)）。
开发
见 [CONTRIBUTING](../CONTRIBUTING.md)。